El Ministerio de Energía fue creado en diciembre de 2015, siendo resultado de la elevación del rango de la Secretaría de Energía que formaba parte del Ministerio de Planificación Federal, Inversión Pública y Servicios de la Nación.​ Hasta junio de 2018, también se incluyó la Secretaría de Minería pero luego fue transferida al Ministerio de Producción.​

El lunes y como parte de un plan de achicamiento de Estado, el presidente Mauricio Macri lo degradó al rango de Secretaría dentro del Ministerio de Hacienda, dándole fin a una breve historia que comenzó en el año 2007 cuando una Comisión conformada por técnicos de distintas variantes políticas fue convocada para analizar y proponer una organización para la entonces Secretaría de Energía que se adecuara a los tiempos modernos.

A pesar de los prejuicios que, en general, rodean a las posibilidades que tiene un grupo heterogéneo de personas de llegar a algún resultado, la Comisión, en un plazo de 6 meses, llegó a un veredicto. Y ese veredicto fue que la situación organizativa más adecuada era la creación de un Ministerio de Energía y Minería.

Los fundamentos que aconsejaban la toma de decisión eran los siguientes:

• La tasa de crecimiento poblacional y el desarrollo económico que impone el mundo moderno, otorga a la cuestión energética una importancia fundamental.
• El ejercicio de benchmarking (comparación) realizado, revela que los distintos países otorgan máxima importancia institucional al sector energético.
• Demanda creciente
• Agotamiento de las reservas
• Altos precios
• No solamente aquellas naciones cuya vida económica depende preponderantemente de la producción y comercialización de energía, sino también las netamente importadoras o las que atraviesan fuertes procesos de expansión, han establecido la dirección política de la energía en niveles ministeriales.
• Los grandes players de la energía, corporaciones privadas, públicas o con participación estatal, surgidos de fusiones y adquisiciones, negocian inversiones directamente con los más altos niveles políticos.
• El reconocimiento de los impactos que la utilización intensiva de energía produce sobre el medio ambiente, favoreciendo el desarrollo de los fenómenos conocidos como “efecto invernadero”, “cambio climático”, “recalentamiento global”, etc., exige un tratamiento cada vez más responsable de la cuestión energética.
• La elevación del rango institucional al nivel ministerial favorecería la mejor identificación y ponderación de problemas del sector, permitiendo optimizar la asignación de los recursos, lo que ofrecería una solución a ciertos problemas detectados en la etapa de entrevistas, como la falta de recursos-humanos, tecnológicos, espacio físico, etc.
• La implantación de un ministerio especializado en Energía y Minería contribuiría también a unificar y mejorar la comunicación del gobierno con la sociedad nacional y la comunidad internacional, en una materia tan compleja, sensible e importante como la energía.
• El nivel ministerial habilitaría por otra parte, a dedicar un servicio de Asesoría Legal particular y especializado, dotando a esta función de la agilidad que reclaman la totalidad de los funcionarios entrevistados y que fuera reconocido como uno de los principales problemas operacionales de la estructura actual.
• El manejo de los bancos de datos geológicos, los criterios de concesión y participación estatal en los ingresos -regalías, canon, etc.- y el cuidado del medio ambiente, entre otros ítems, reconoce indudables similitudes entre las áreas de energía y minería.
• No requiere erogar montos adicionales significativos para su funcionamiento. Al unificarse Energía y Minería la mayoría de las dependencias mantendrían el nivel actual.
• Importancia geopolítica de la energía en función de la integración regional.

Como puede apreciarse la decisión de formar un Ministerio no deviene de una cuestión antojadiza sino de estudios profesionales serios. “Sin embargo hay algunas diferencias en este planteo teórico (nunca se llevó a la práctica en el gobierno anterior por razones obvias) con la conformación del último Ministerio de Energía y Minas”, objetó el ex Subsecretario de Combustibles de la Nación (1996-1999), Alberto Fiandesio.

La idea de la Comisión era, simplemente, formar una Unidad Ministro que tomaría la representación política del sector, mínima en cuanto a cantidad de personal y recursos, y continuar con las ya existentes Secretaría de Energía y de Minería, claro que una estructura distinta. “En la última experiencia, por el contrario, el Ministro llevó adelante en forma personal toda la tarea y, por debajo de él, se formó una gran estructura organizativa con varias Secretarías”, cuestionó Fiandesio.

“De acuerdo a los fundamentos expuestos, Energía debió seguir siendo Ministerio y resistiendo cuestiones que, se espera, sean coyunturales”, opinó el ex funcionario.

Finalmente hizo referencia a la nueva “ubicación” de Energía bajo la órbita de Hacienda. “En los años 90 la Secretaría de Energía dependía del Ministro de Economía, Roque Fernández y fueron de los años de mayor independencia. Claro que depende del nivel de confianza que se tengan entre sí, pero la falta de conocimiento técnico del Economista sobre los temas energéticos hace que, o tiene confianza o paraliza la acción”, concluyó Fiandesio.